Existen diferentes formas de implementar el uso del ozono para el tratamiento de agua. Es importante hacer un análisis en cada caso particular, a modo de hallar las mejores condiciones para la instalación y forma de trabajo de la planta. El ozono siempre se disuelve en el agua ya tratada, lista para envasar, y de acuerdo al tipo de sistema de envasado con el que se trabaje, se suele instalar una línea de retorno que permite derivar una fracción de agua nuevamente al tanque depósito de agua tratada. Esto permite mantener tanto el tanque como toda la instalación perfectamente desinfectada siempre, evitando la formación de biofilms en las cañerías que luego contaminan el producto final.